Bộ gen của một số chủng của N.gonorrhoeae đã được giải liên tục. Hầu hết trong số chúng có kích thước khoảng 2,1 Mb và mã hóa từ 2.100 đến 2.600 Protein (mặc dù hầu hết dường như nằm trong phạm vi thấp hơn).[28] Ví dụ, chủng NCCP11945 bao gồm một nhiễm sắc thể tròn (2.232.025 bp) mã hóa 2.662 khung đọc mở (ORF) và một plasmid (4.153 bp) mã hóa 12 ORF dự đoán. Mật độ mã hóa ước tính trên toàn bộ bộ gen là 87% và hàm lượng G + C trung bình là 52,4%, các giá trị tương tự với chủng FA1090. Bộ gen NCCP11945 mã hóa 54 tRNA và bốn bản sao của các operon 16S-23S-5S rRNA.[29]

Chuyển gen ngang

Năm 2011, các nhà nghiên cứu tại Đại học Northwestern đã tìm thấy bằng chứng về một đoạn DNA của con người trong bộ gen của Neisseria gonorrhoeae, một trong những ví dụ đầu tiên về sự chuyển gen ngang từ người sang vi khuẩn.[30][31]